Fix delete_node to allow breaking cycles in graphs.

[gkirgizov]

Previously they were automatically preserved because parents were always reconnected to children.

This change is backward compatible except for 1 rename (RemoveType.node_only -> RemoveType.node_rewire), no current behavior is altered.

Related to #69 where cycles that appeared in graph precluded optimization from removing accidental cycles.

[codecov-commenter]

Codecov Report

Merging #75 (cee630d) into main (75da6f6) will decrease coverage by 0.47%.
The diff coverage is 27.27%.

@@            Coverage Diff             @@
##             main      #75      +/-   ##
==========================================
- Coverage   65.59%   65.12%   -0.47%     
==========================================
  Files         113      114       +1     
  Lines        6162     6220      +58     
==========================================
+ Hits         4042     4051       +9     
- Misses       2120     2169      +49     

Impacted Files	Coverage Δ
golem/core/adapter/nx_adapter.py	97.72% <ø> (+24.39%)	⬆️
golem/core/optimisers/objective/objective.py	86.27% <ø> (ø)
golem/metrics/edit_distance.py	0.00% <0.00%> (ø)
golem/metrics/graph_metrics.py	0.00% <0.00%> (ø)
...ore/optimisers/genetic/operators/base_mutations.py	89.01% <40.00%> (-0.55%)	⬇️
golem/core/dag/graph.py	78.82% <100.00%> (+1.32%)	⬆️
golem/core/dag/graph_delegate.py	96.07% <100.00%> (ø)
golem/core/dag/linked_graph.py	100.00% <100.00%> (ø)
golem/core/optimisers/advisor.py	88.88% <100.00%> (+0.65%)	⬆️
golem/core/optimisers/genetic/gp_operators.py	92.85% <100.00%> (-0.17%)	⬇️

Help us with your feedback. Take ten seconds to tell us how you rate us. Have a feature suggestion? Share it here.

[maypink]

я бы еще параметр clean_up_leftovers у метода disconnect_nodes по дефолту убрала в False

[MorrisNein]

RemoveType.with_direct_children, как я понял, нигде не используется и не тестируется. Так что я не уверен, насколько это важное наблюдение

Но кажется, что дефолтное поведение delete_node(..., reconnect=ReconnectKind.single) может сломать вот это место:

https://github.com/aimclub/GOLEM/pull/75/files#diff-22597fa80790447c12350557295b46256d87b8a700fcc1b6c0331f6b49765141L241-L249

Представим граф:

1 \
2 -> 4 -> 5 -> 6
3 /

Допустим, мы пытаемся удалить узел 4 с прямыми потомками. Пошагово:

1. Удаляем узел 4, не происходит реконнект:

1 \
2 -> x -> 5 -> 6
3 /

2. Удаляем дочерний узел 5:

1 \
2 -> х -> 6
3 /

Реконнекта так и не произошло, случилась кака

Возможно, стоит в этом месте использовать delete_node(..., reconnect=ReconnectKind.all)

Этот момент легко проморгать в будущем, если станем использовать эту опцию

[gkirgizov]

Возможно, стоит в этом месте использовать delete_node(..., reconnect=ReconnectKind.all)

Этот момент легко проморгать в будущем, если станем использовать эту опцию

Поправил, хорошо что заметил, тонкий момент!