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Problems with kaleido usage #314

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itutu-tienday opened this issue Jul 1, 2024 · 6 comments
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Problems with kaleido usage #314

itutu-tienday opened this issue Jul 1, 2024 · 6 comments
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@itutu-tienday
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Collaborator

No description provided.

@tsuchiyama-araya
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Collaborator

【進捗報告】
Kaleido内のファイルにPrint出力でどこで止まっているかを確認しましたが、
Printしたい値が出力されないため、確認できません。

PythonとDockerを利用したDebuggerを設定してみましたが、
うまく動きません。。。。

(優先度が低いため、一旦保留)

@itutu-tienday
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Collaborator Author

Printしたい値が出力されないため、確認できません。

こちらでの確認情報を記載します。

  • 該当の kaleido ソースへのprint文挿入・出力確認
    • → print文は動作OK
  • 動作確認環境
    • Docker on Ubuntu 22
    • Ubuntu 22 (Native)
  • 確認対象ソース
    • (docker) /home/optinist/.conda/envs/expdb_batch/lib/python3.8/site-packages/plotly/io/_kaleido.py
      • 修正コード
        def write_image(
            fig,
            file,
            format=None,
            scale=None,
            width=None,
            height=None,
            validate=True,
            engine="auto",
        ):
            # add dummy print code.
            print(">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> test log.")
        
      • 出力ログ
        $ python run_expdb_batch.py  -o 1
        ----
        2024-07-01 13:49:12,090 INFO: generate_plots():270 - process 'generate_plots' start.
        >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> test log.
        >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> test log.
        >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> test log.
        >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> test log.
        ----
        

上記から、複数の環境で期待する動作となることが確認されています。

Printしたい値が出力されないため、確認できません。

上記の確認内容の詳細を、まずはレポートいただけると良さそうです。

@tsuchiyama-araya
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Collaborator

【追加情報】

(docker) /home/optinist/.conda/envs/expdb_batch/lib/python3.8/site-packages/plotly/io/_kaleido.py
上記のファイルにプリントを出力しながら、どこで止まっているかを確認しました。

ファイルの to_image 関数で止まっており、具体的なコード箇所は以下の通りです。

img_bytes = scope.transform( fig_dict, format=format, width=width, height=height, scale=scale )

Image

@itutu-tienday
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Collaborator Author

img_bytes = scope.transform(

上記の scope.transform も、一応さらに探索可能であるようです。 (plotly.py)

@tsuchiyama-araya
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Collaborator

https://plotly.com/python-api-reference/index.html
こちらのドキュメントでscope.transformを探してみましたが、
なかったです。もしかしたら、もう対応されていない関数の可能性?

そのため、今インストールしているPlotyのバージョン確認をしてみます。

itutu-tienday added a commit that referenced this issue Dec 11, 2024
microscopes) update metadata field name (imaging_rate)
@milesAraya
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Collaborator

Solves with matplotlib
PR 354
Need to complete test cases

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