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RDF化の自動化

• 毎時間、ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_orthologs.gz のタイムスタンプを見に行く
• ローカルにあるファイルより新しかったら、ダウンロードして、RDF化する

$ ./bin/update_ncbi_rdf &

Memo

For 19,584 human genes, orthologous genes were identified in other organisms

List of 578 organisms:

• https://github.com/dbcls/ncbi-orthologs-rdf/blob/main/tsv/ncbi_orthologs_human.organism_list.tsv

Number of organisms that have orthologs for each of the 19,584 human genes

• https://github.com/dbcls/ncbi-orthologs-rdf/blob/main/tsv/ncbi_orthologs_human.count_organisms.tsv

Binary profile for each human gene (19,584 rows x 578 columns)

• https://github.com/dbcls/ncbi-orthologs-rdf/blob/main/tsv/ncbi_orthologs_human.binary_pattern

Orthologous genes for each human gene (19,584 rows x 578 columns)

• https://github.com/dbcls/ncbi-orthologs-rdf/blob/main/tsv/ncbi_orthologs_human.gene_ids

vertebrates, insects etc. のゲノム

• All vs all の生物種でリンクがあるわけではない
• リファレンスゲノム(ヒトなど)の遺伝子をハブとして、新しいゲノムの遺伝子へリンクしている

jQuery UIのオートコンプリートなどの機能を使用している場合、ネイティブのJavaScriptで代替する方法、例えば、HTML5の<datalist>を使って、オートコンプリートを実現する方法があります。

<input list="tagsList" id="tags" name="tags" style="width: 250px">
<datalist id="tagsList">
  <option value="Pan troglodytes">
  <option value="Gorilla gorilla gorilla">
</datalist>

Processing

$ c gene_orthologs.gz l gz l ./bin/extract_human_mouse.pl

$ c gene_orthologs.gz l gz l ../bin/ncbi_orthologs_rdf.pl > gene_orthologs.ttl 2> err &

ChageLog

• bin/ moved from https://github.com/dbcls/ncbigene-rdf

2023-06-01

• :hasOrthologのリンクを双方向に張った. (パフォーマンス改善のため)

2022-05-11

• 3カラム目のrelationshipは全てOrtholog