Author: David Bridgwood dmb2417@ic.ac.uk
Description: code for masters project
The following python libraries are required:
- pandas
- numpy
The following R packages are required:
- vegan
- hypervolume
- hypervolume svs vs gaussian?
- general how to do species ordination questions
- data questions
- mammals: what do all the comments mean? E100-1 vs E100-2, same or different plot?
- run_project.py script to walk through all code files
- link to stability
- sort out data diectory
masters_project/
├── Code/
│ │
│ ├── 00_hv_functions.R
│ ├── compare_hv.R
│ ├── sort_data.py
│ └── species_ordination.R
│
├── Data/
│ │
│ ├── family_list.csv
│ │
│ ├── RAW/
│ │ ├── beetles/
│ │ │ ├── family_list.csv
│ │ │ ├── README.txt
│ │ │ └── trap_summaries.csv
│ │ │
│ │ ├── SAFE_toDavidBridgwood_Stability/
│ │ │ ├── Riutta_et_al-2018-Global_Change_Biology_OnlineEarlyVersion.pdf
│ │ │ ├── Riutta_et_al-2018-Global_Change_Biology_SupportingInformation.pdf
│ │ │ ├── SAFE_CarbonPlots_FineRoots_Stock+NPP.xlsx
│ │ │ ├── SAFE_CarbonPlots_Litterfall.xlsx
│ │ │ ├── SAFE_CarbonPlots_Tree+LianaCensus.xlsx
│ │ │ └── SAFE_Maliau_Danum_CarbonPlots_Maps.pdf
│ │ │
│ │ ├── small_mammals/
│ │ │ ├── Grid trapping dates 2011-2016.xlsx
│ │ │ ├── SAFE Map E.png
│ │ │ ├── SAFE Map overview.png
│ │ │ ├── SAFE small mammal Catch Totals 2011-2016.xlsx
│ │ │ └── SAFE small mammals E 2011-2016.xlsx
│ │ │
│ │ └── template_Pfeifer.xlsx
│ │
│ ├── SAFE_CarbonPlots_FineRoots_Stock+NPP.xlsx
│ ├── SAFE_CarbonPlots_Litterfall.xlsx
│ ├── SAFE_CarbonPlots_Tree+LianaCensus.csv
│ ├── SAFE_CarbonPlots_Tree+LianaCensus.xlsx
│ └── small_mammals.csv
│
├── Results/
│ ├── beetles_matrix.csv
│ ├── beetles_sorted.csv
│ ├── mammal_mds_out.Rdata
│ ├── mammals_matrix.csv
│ ├── mammals_sorted.csv
│ ├── mds_out.Rdata
│ ├── trees_matrix.csv
│ └── trees_sorted.csv
│
└── Sandbox/
├── code/
│ ├── beetles_hv.R
│ ├── sort_beetles_data.py
│ ├── sort_mammal_data.py
│ ├── sort_tree_data.py
│ ├── test_hypvlm.R
│ └── test_PCA.R
├── demo/
└── Reading
├── Papers/
├── CMEE-APROJECT!.bib
├── Reading.pdf
└── Reading.tex