GitHub - eporomaa/pythonHOT: Structural EM algorithm for inferring pytholgenic trees.

eporomaa / pythonHOT Public

Notifications You must be signed in to change notification settings
Fork 0
Star 0

Structural EM algorithm for inferring pytholgenic trees.

Notifications

Name		Name	Last commit message	Last commit date
Latest commit History 1 Commit
EM.pyc		EM.pyc
README.txt		README.txt
abberations.py		abberations.py
abberations.pyc		abberations.pyc
emAlgorithm.py		emAlgorithm.py
emAlgorithm.pyc		emAlgorithm.pyc
emAlgorithm2.py		emAlgorithm2.py
emAlgorithm2.pyc		emAlgorithm2.pyc
eteTree.py		eteTree.py
eteTree.pyc		eteTree.pyc
functions.py		functions.py
functions.pyc		functions.pyc
likelyhood.py		likelyhood.py
likelyhood.pyc		likelyhood.pyc
likelyhood2.py		likelyhood2.py
likelyhood2.pyc		likelyhood2.pyc
likelyhood3.py		likelyhood3.py
likelyhood3.pyc		likelyhood3.pyc
likelyhood4.py		likelyhood4.py
likelyhood4.pyc		likelyhood4.pyc
main.py		main.py
slask.py		slask.py
test.py		test.py
test.pyc		test.pyc
test2.py		test2.py
treeTest.py		treeTest.py
treeTest.pyc		treeTest.pyc

Repository files navigation

Lab 3
Structural EM algorithm for inferring pytholgenic trees.

Frågor till Jens: 
1. Vid uppskapande av träd, hur sätter man error variablerna? 
2. Beräknar man CPD för Z samt X eller bara Z? Var finns det beskrivet i sådana fall? 
3. Ska beräkningen av vikterna, se botten av sida 7, maximera fölande uttryck eller ska vikterna vara uttrycket? Är det en typo, b istället för a? CPD för X?! 
4. Justerar man Z och X eller bara Z? 
5. Hur kan man felsöka algortmen?
6. Hur kan man implementera en komplett graph?
7. Hur utför man enklast edmunds algorithm? 
8. Har Px för rooten värde 1?
9. Varför inte bara justera trädet tills du finner det med lägst logL?
10. Ska arcvikten någonsin kunna bli längre för en annat träd än ursprungsträdet?