Update fit.py

hansenlab · Jul 25, 2023 · b19eb41 · b19eb41
1 parent c3577a7
commit b19eb41
Showing 1 changed file with 11 additions and 0 deletions.
diff --git a/mouse_sagittal_data_analysis_smallData/fit.py b/mouse_sagittal_data_analysis_smallData/fit.py
@@ -19,6 +19,7 @@
 import pandas as pd
 import sys 
 import pickle
+import random
 
 ########################################################################
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@@ -56,6 +57,16 @@
 list_sampleID=process_multiSample.get_listSampleID(list_D)
 
 
+
+
+# inducing points, 35% of total spots for each sample
+for ksample in range(0,nsample):
+ random.seed(10)
+ ninduced=round(list_D[ksample]['X'].shape[0] * 0.35)
+ print(ninduced)
+ D=list_D[ksample]
+ list_D[ksample]["Z"]=D['X'][random.sample(range(0, D['X'].shape[0]-1), ninduced) ,:]
+
 ########################################################################3
 ################### step 1 initialize model
 ########################################################################