Material utilizado no workshop ministrado em 2023 sobre diversas ferramentas de processamento e análise para diferentes modalidades de imagem por ressonância magnética.
- Diffusion_Workshop_Inbrain_2023.pdf : Apresentação abordando os princípios básicos de Imagens de Ressonância Magnética Ponderada em Difusão e Tractografia. No mesmo material também encontra-se disponível informações sobre a ferramenta Diffusion Toolkit e TrackVis.
- MRtrix3_Workshop_2023.pdf : Nesse material é abordada a ferramenta MRtrix3, com um pipeline completo de processamento de imagens de difusão, assim como geração de tractografia por diferentes algorítmos e segmentação de tratos específicos.
- FreeSurfer + Data Science.pptx : Apresentação em slides com definições e boas práticas do uso do FreeSurfer e de ferramentas de Ciência de Dados.
- Fundamentos_FreeSurfer_DataScience.ipynb : Notebook para analisar e modelar a saída de dados do FreeSurfer. Esse notebook possui links para acessar sua versão no google colab e outros notebooks mais avançados do mesmo tema.
- Apresentações sobre as etapas de processamento do QSM, sobre o software de segmentação ITK-SNAP e sobre a ferramenta de análise de imagens FSL.
- https://drive.google.com/drive/folders/1TNMTpMhqb7E5G_ntvB0asNceKmS3wxZc?usp=sharing - Drive com os dados utilizados no CONN, para utilizar basta baixar a pasta localmente e abrir o arquivo conn_Workshop_Inbrain.mat dentro do CONN.
- Nesta apresentação estão presentes noções básicas do uso de deep learning aplicado a ressonância magnética funcional através da plataforma PyTorch, além de alguns resultados obtidos com o modelo apresentado.
- O conjunto de dados e o notebook (gabarito) apresentados no workshop estão disponíveis no seguinte link: https://www.kaggle.com/datasets/erickalmeidadesouza/dyn-fc