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inrae/magest

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Importation de fichiers contenant des paramètres physico-chimiques

Objectif

Le programme permet d'importer des données physico-chimiques relevées à partir de sondes automatiques dans une table PostgreSQL (non testé avec d'autres SGBD).

Deux scripts sont disponibles :

  • magest.php permet de traiter des fichiers dans un format "brut" issu des sondes ;
  • magest-csv.php est dédié à l'importation des fichiers csv (une colonne par paramètre).

Utilisation de magest-csv.php

Paramétrage

Renommez le fichier param-dist.ini en param.ini, et modifiez les sections ainsi :

  • general : paramètres par défaut. Ils sont tous modifiables en arguments dans la ligne de commande (--argument=valeur)
  • table : description de la table cible :
    • table : nom de la table
    • measure_id : nom de la clé primaire, qui doit être de type serial
    • station : nom de la colonne contenant l'identifiant de la station (sous forme numérique)
    • date : nom de la colonne contenant la date
    • les autres champs seront déduits des colonnes trouvées dans les fichiers (cf. sections fields ou csv)
  • stations : transcodage des stations saisies en ligne de commande pour récupérer l'identifiant qui sera inséré dans la table
  • fields : à gauche, liste des libellés présents dans l'entête du fichier csv, à droite, nom du champ dans la table Cette rubrique n'est utilisée que pour les imports dans les formats "bruts"
  • csv : idem à fields, mais pour les imports en CSV

Utilisation

Le programme nécessite d'installer php 7.2 ou ultérieur dans la machine exécutant les scripts, avec les bibliothèques nécessaires pour la connexion à la base de données Postgresql.

Les fichiers doivent être déposés dans le dossier import. Le programme va traiter tous les fichiers présents dans le dossier, mais ceux-ci ne doivent concerner que la même station et avoir la même structure, au moins en ce qui concerne l'emplacement du champ date.

Exemple d'utilisation :

php magest-csv.php --param=param2021.ini --source=import --treated=treated --separator=";" --numline=3 --datefield=0 --station=branne