Projet repro-hackathon du groupe 9. Ce répertoire recense les différents scripts, fichiers, schémas et données utilisés au cours de notre travail.
Se trouve dans ce répertoire les deux scripts permettant le téléchargement du génome de référence Hg38, le script en python et le script bash pour l'éxécuter. (ces scripts sont des étapes intermediaires du snakefile général)
Contient le scprit Deseq.R permettant de réaliser l'analyse statistique des résultats ( doit être lancer apres le run.sh qui lance le workflow)
Ce dossier contient les données utilisées les localisations des SRA SraAccList.txt et Le workflow est implémenté avec Snakemake.
Ce dossier est le dossier d'output de notre snakemake général (workflow.smk) et recense la matrice de comptage et son résumé.
Les dockerfiles permettant de créer les images docker de chaque outil sont dans docker.
Recense les images de nos différents snakefiles (les différents snakefiles intermédaires et le workflow général)
Contient les snakefiles de notre travail, les intermédiaires et le workflow général.
En récupérant le git sur un repository local, lancez le script run.sh. Après avoir récuperé votre matrice de comptage, vous pourrez utiliser le script DEseq.r.