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Repository files navigation

E-Cell 3 Model Repository

E-Cell 3 のモデルファイルおよびユーティリティのコレクションです。

Contents 内容

erythrocyte

赤血球モデル

  • kinoshita_2007: IABが開発した赤血球モデル Kinoshita A et al. FEBS J. 2007;274(6):1449-58. PMID: 17489100.PMID: 17489100.

myocardium

心筋細胞モデル

  • kyoto_model 京都大学が開発した心筋細胞モデル

liver

肝臓モデル

  • chalhoub_2007: Chalhoub E et al. Am J Physiol Endocrinol Metab. 2007;293(6):E1676-86. PMID: 17911349. 灌流肝臓の糖新生
  • ohno_2008: Ohno H et al. Artif Life. 2008;14(1):3-28. PMID: 18171128. アンモニア代謝の metabolic zonation

Usage 使い方

Model File (EM file)

モデルファイルは、以下のように ecell3-em2eml を実行して EML ファイルに変換します。EML ファイルを ecell3-session、 ecell3-session-monitor で load してシミュレーションを 実行します。

ecell3-em2eml foo.em

Custom Process

カスタムProcessが含まれる場合、それぞれのモデルのディレクトリ で make を実行すると、同じディレクトリに、Processの 共有オブジェクト(.so)ファイルが生成されます。

make

About

Model Files and Utilities for E-Cell 3 SE

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Releases

No releases published

Packages

No packages published