Per module/subworkflow tags.yml file #641
GitHub Actions / JUnit Test Report
failed
Oct 10, 2023 in 0s
1 tests run, 0 passed, 0 skipped, 1 failed.
Annotations
Check failure on line 1 in Should run without failures
github-actions / JUnit Test Report
Should run without failures
Assertion failed:
2 of 2 assertions failed
Raw output
Nextflow stdout:
WARN: There's no process matching config selector: CUSTOM_DUMPSOFTWAREVERSIONS
WARN: There's no process matching config selector: MULTIQC_MAPPINGS_CONFIG
WARN: There's no process matching config selector: SRA_IDS_TO_RUNINFO
WARN: There's no process matching config selector: SRA_MERGE_SAMPLESHEET
WARN: There's no process matching config selector: SRA_RUNINFO_TO_FTP
WARN: There's no process matching config selector: SRA_TO_SAMPLESHEET
WARN: There's no process matching config selector: SRATOOLS_PREFETCH
WARN: There's no process matching config selector: SRATOOLS_FASTERQDUMP
ERROR ~ Error executing process > 'SRA_FASTQ_FTP (SRX9626017_SRR13191702)'
Caused by:
Process `SRA_FASTQ_FTP (SRX9626017_SRR13191702)` terminated with an error exit status (28)
Command executed:
curl \
--retry 5 --continue-at - --max-time 1200 \
-L ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR131/002/SRR13191702/SRR13191702_1.fastq.gz \
-o SRX9626017_SRR13191702_1.fastq.gz
echo "89c5be920021a035084d8aeb74f32df7 SRX9626017_SRR13191702_1.fastq.gz" > SRX9626017_SRR13191702_1.fastq.gz.md5
md5sum -c SRX9626017_SRR13191702_1.fastq.gz.md5
curl \
--retry 5 --continue-at - --max-time 1200 \
-L ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR131/002/SRR13191702/SRR13191702_2.fastq.gz \
-o SRX9626017_SRR13191702_2.fastq.gz
echo "56271be38a80db78ef3bdfc5d9909b98 SRX9626017_SRR13191702_2.fastq.gz" > SRX9626017_SRR13191702_2.fastq.gz.md5
md5sum -c SRX9626017_SRR13191702_2.fastq.gz.md5
cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
"SRA_FASTQ_FTP":
curl: $(echo $(curl --version | head -n 1 | sed 's/^curl //; s/ .*$//'))
END_VERSIONS
Command exit status:
28
Command output:
(empty)
Command error:
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:00 --:--:-- 0
curl: (28) server response timeout
Work dir:
/tmp/tests/25403310a0cb5252c876830cb11687b8/work/0c/af588cbe90f25a5d3c43a832feb4cf
Tip: view the complete command output by changing to the process work dir and entering the command `cat .command.out`
-- Check '/tmp/tests/25403310a0cb5252c876830cb11687b8/meta/nextflow.log' file for details
Nextflow stderr:
Loading