Addtitions to SR

doc-sr/02_background.Rmd

@@ -16,6 +16,24 @@ The assessment model has been updated by adding new catch for 2022 and 2023 (Tab
 <<para-1-background-en>>
 ```
 
+(ref:fig-catch-fleet-en) Commercial catch of `r sp` by fleet and gear type. Each year of catch starts on Feb. 21 and ends on Feb. 20. e.g. the year 2005 catch is all catch between Feb. 21, 2005 to Feb. 20, 2006. The shaded grey area from the beginning of the time series to 1996 indicate unreliable data. In the years prior to 1996, many tows of `r sp` were discarded without logs being kept.
+
+(ref:fig-catch-fleet-fr)  Prises commerciales de `r sp` par flotte et type d'engin. Chaque année de capture commence le 21 février et se termine le 20 février. Par exemple, les captures de l'année 2005 correspondent à toutes les captures effectuées entre le 21 février 2005 et le 20 février 2006. La zone grise du début de la série chronologique jusqu'en 1996 indique que les données ne sont pas fiables. Au cours des années antérieures à 1996, de nombreux traits de `r sp` ont été rejetés sans qu'aucun journal n'ait été tenu.
+
+```{r fig-catch-fleet, fig.cap = ifelse(fr(), "(ref:fig-catch-fleet-fr)", "(ref:fig-catch-fleet-en)")}
+
+yrs <- sort(unique(catch$year))
+plot_catch_fleet(list(catch_ft, catch_ss),
+                 base_model$dat$fleet_gear_names,
+                 french = fr(),
+                 unreliable = 1996,
+                 xlim = c(min(yrs), max(yrs))) +
+  scale_x_continuous(yrs, breaks = seq(min(yrs), yrs[length(yrs)], by = 2)) +
+  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.55, vjust = 0.5),
+        axis.title.x = element_blank())
+
+```
+
 ```{r overall-catch-table, results = "asis"}
 cap <- paste0("Recent coastwide commercial fishery landings and discards (t) ",
               "for ", sp, ".")
@@ -32,41 +50,11 @@ table_catch(catch,
             gear_col_widths = "6em")
 ```
 
-(ref:fig-catch-en) Commercial catch of `r sp` by fleet. Each year of catch starts on Feb. 21 and ends on Feb. 20. e.g. the year 2005 catch is all catch between Feb. 21, 2005 to Feb. 20, 2006. The shaded grey area from the beginning of the time series to 1996 indicate unreliable data. In the years prior to 1996, many tows of `r sp` were discarded without logs being kept.
-
-(ref:fig-catch-fr) Prises commerciales de `r sp` par flotte. Chaque année de capture commence le 21 février et se termine le 20 février. Par exemple, les captures de l'année 2005 correspondent à toutes les captures effectuées entre le 21 février 2005 et le 20 février 2006. La zone grise qui s'étend du début de la série chronologique jusqu'en 1996 indique que les données ne sont pas fiables. Au cours des années antérieures à 1996, de nombreux traits de `r sp` ont été rejetés sans qu'aucun journal n'ait été tenu.
-
-```{r fig-catch, fig.cap = ifelse(fr(), "(ref:fig-catch-fr)", "(ref:fig-catch-en)")}
-yrs <- sort(unique(catch$year))
-plot_catch(catch,
-           french = fr(),
-           unreliable = 1996,
-           xlim = c(min(yrs), max(yrs))) +
-  scale_x_continuous(yrs, breaks = seq(min(yrs), yrs[length(yrs)], by = 2)) +
-  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.55, vjust = 0.5))
-```
-
-(ref:fig-catch-fleet-en) Commercial catch of `r sp` by fleet. Each year of catch starts on Feb. 21 and ends on Feb. 20. See the previous figure for an explanation of the shaded grey area.
-
-(ref:fig-catch-fleet-fr) Prises commerciales de `r sp` par flottille. Chaque année de capture commence le 21 février et se termine le 20 février. Voir la figure précédente pour une explication de la zone grisée.
-
-```{r fig-catch-fleet, fig.cap = ifelse(fr(), "(ref:fig-catch-fr)", "(ref:fig-catch-en)")}
-yrs <- sort(unique(catch$year))
-plot_catch_fleet(list(catch_ft, catch_ss),
-                 base_model$dat$fleet_gear_names,
-                 french = fr(),
-                 unreliable = 1996,
-                 xlim = c(min(yrs), max(yrs))) +
-  scale_x_continuous(yrs, breaks = seq(min(yrs), yrs[length(yrs)], by = 2)) +
-  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.55, vjust = 0.5))
-
-```
-
 
 This section can be used when it is considered necessary to add some background information to help the readers understand the nature of the issue to address (e.g., key information on the species, population, or area, or more details on the rationale for providing an answer to the request,).
 Science Response Reports are intended to be short. References to more background information may be added in the Sources of Information section.
 
-Some references: [@francis2011, @edwards2013, @swainbenoit2015].
+Some references: [@francis2011, @edwards2013].
 
 ## Description of the fishery
 

doc-sr/_bookdown.yml

@@ -1,7 +1,7 @@
 book_filename: "sr"
 rmd_files: ["index.Rmd",
-            "01_context.Rmd"
-            #"02_background.Rmd",
+            "01_context.Rmd",
+            "02_background.Rmd"
             #"03_analysis.Rmd",
             #"04_conclusions.Rmd",
             #"05_contributors.Rmd",

doc-sr/index.Rmd

@@ -18,7 +18,7 @@ approval_year: 2024
 approval_month: "September"
 approval_day: 11
 work_done_year: 2024
-work_done_month: "June - August 2024"
+work_done_month: "September"
 branch: Science Branch # French: Direction des sciences
 region: Pacific Region
 french_region: Région du Pacifique

doc/060-figures-main.Rmd

@@ -46,9 +46,9 @@ plot_cpue_spatial(dat$cpue_spatial,
 plot_trawl_footprint()
 ```
 
-(ref:fig-catch-en) Commercial catch of `r sp` by fleet and gear type. Each year of catch starts on Feb. 21 and ends on Feb. 20. e.g. the year 2005 catch is all catch between Feb. 21, 2005 to Feb. 20, 2006. The shaded grey area from the beginning of the time series to 1996 indicate unreliable data. In the years prior to 1996, many tows of `r sp` were discarded without logs being kept.
+(ref:fig-catch-en) Commercial catch of `r sp` by area and gear type. Each year of catch starts on Feb. 21 and ends on Feb. 20. e.g. the year 2005 catch is all catch between Feb. 21, 2005 to Feb. 20, 2006. The shaded grey area from the beginning of the time series to 1996 indicate unreliable data. In the years prior to 1996, many tows of `r sp` were discarded without logs being kept.
 
-(ref:fig-catch-fr) Prises commerciales de `r sp` par zone et par type d'engin. Chaque année de capture commence le 21 février et se termine le 20 février. Par exemple, les captures de l'année 2005 correspondent à toutes les captures effectuées entre le 21 février 2005 et le 20 février 2006. La zone grise du début de la série chronologique jusqu'en 1996 indique que les données ne sont pas fiables. Au cours des années antérieures à 1996, de nombreux traits de `r sp` ont été rejetés sans qu'aucun journal n'ait été tenu.
+(ref:fig-catch-fr)  Prises commerciales de `r sp` par zone et par type d'engin. Chaque année de capture commence le 21 février et se termine le 20 février. Par exemple, les captures de l'année 2005 correspondent à toutes les captures effectuées entre le 21 février 2005 et le 20 février 2006. La zone grise du début de la série chronologique jusqu'en 1996 indique que les données ne sont pas fiables. Au cours des années antérieures à 1996, de nombreux traits de `r sp` ont été rejetés sans qu'aucun journal n'ait été tenu.
 
 ```{r fig-catch, fig.cap = ifelse(fr(), "(ref:fig-catch-fr)", "(ref:fig-catch-en)")}
 yrs <- sort(unique(catch$year))
@@ -57,22 +57,24 @@ plot_catch(catch,
            unreliable = 1996,
            xlim = c(min(yrs), max(yrs))) +
   scale_x_continuous(yrs, breaks = seq(min(yrs), yrs[length(yrs)], by = 2)) +
-  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.55, vjust = 0.5))
+  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.55, vjust = 0.5),
+        axis.title.x = element_blank())
 ```
 
 (ref:fig-catch-fleet-en) Commercial catch of `r sp` by fleet and gear type. Each year of catch starts on Feb. 21 and ends on Feb. 20. See the previous figure for an explanation of the shaded grey area.
 
 (ref:fig-catch-fleet-fr) Prises commerciales de `r sp` par flottille et par type d'engin. Chaque année de capture commence le 21 février et se termine le 20 février. Voir la figure précédente pour une explication de la zone grisée.
 
-```{r fig-catch-fleet, fig.cap = ifelse(fr(), "(ref:fig-catch-fr)", "(ref:fig-catch-en)")}
+```{r fig-catch-fleet, fig.cap = ifelse(fr(), "(ref:fig-catch-fleet-fr)", "(ref:fig-catch-fleet-en)")}
 yrs <- sort(unique(catch$year))
 plot_catch_fleet(list(catch_ft, catch_ss),
                  base_model$dat$fleet_gear_names,
                  french = fr(),
                  unreliable = 1996,
                  xlim = c(min(yrs), max(yrs))) +
   scale_x_continuous(yrs, breaks = seq(min(yrs), yrs[length(yrs)], by = 2)) +
-  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.55, vjust = 0.5))
+  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.55, vjust = 0.5),
+        axis.title.x = element_blank())
 
 ```