githubからクローンする方法

以下をコマンドラインで実行してください。

git clone https://github.com/ryomappi/Term3-Science.git

ディレクトリ構造は以下のようになります。

raman
├──raman.py
├──RamanSpectrum_repository.py
├──RamanSpectrum.py
├──raman_spectrum.ipynb
├──baseline_and_smoothing.py
├──data
│  ├──img
│  └──csv
├──README.md
└──.gitignore

基本的には、raman.pyを実行するだけで、ラマンスペクトルが生成されます。
生成されたラマンスペクトルおよび生データは、dataディレクトリに保存されます。

ラマンスペクトルの生成

手順

まず、以下のライブラリがインポートできることを確認します。数が多いですね。

import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import cv2
from scipy.sparse import csc_matrix
from scipy.sparse import spdiags
import scipy.sparse.linalg as spla
import numpy as np
from scipy import signal
import csv
from pathlib import Path
import sys

これができたら、raman.pyを実行します。

python raman.py <image_path> <spectrum_output_path> <denoised_output_path>

• ごめん、今は引数2つ目までしか使えない。

例えば、

python raman.py IMG_001.png IMG_001_spectrum

(あるいは、GUI上でrunする)

引数の説明

• image_path: ラマンスペクトルを生成したい画像のパス
• spectrum_output_path: ラマンスペクトルを出力したいパス
• denoised_output_path: ノイズ除去したラマンスペクトルを出力したいパス

備考

もし動かなかったら、raman_spectrum.ipynbの方を使ってください。