find_pmid

jPOST id から PubMed id を探索するための Ruby 製の補助ツールです。

gem

下記のgemが必要です。

gem "bio"
gem "mechanize"

フロー

1

jPOSTrepoサーバのxmlデータ(ex.https://repository.jpostdb.org/xml/JPST000855.0.xml )を読み込み、PXID CreatedDate PrincipalInvestigator Submitter Keywords などを取得します。

JPST000855
title:SCFCyclin F targets the metabolic protein Sirtuin 5 for ubiquitination
PXD019396  pi:Matthew D. Hirschey[AU] sm:Paul Grimsrud[AU]
keywords:["Cyclin F (CCNF)", "Sirtuin 5 (SIRT5)", "cell cycle", "ubiquitin", 
"metabolism"]

2

google scholarでjPOST id PXIDを使用し検索を行います。 (ex.https://scholar.google.com/scholar?hl=ja&q=JPST000855+OR+PXD019396) （短時間で検索を行いますと、ロボットではないことの証明を要求されます）

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc8093487/
https://journals.asm.org/doi/abs/10.1128/MCB.00269-20

3

PubMedでPI名 SM名 CreatedDateの１か月前から１３か月後のPubMed idを取得します。 PubMed idからAbstractを取得し、Keywordsの一致する点数を数えます。 Keywordsが一致しないPubMed idは非表示となります。 pi+smは双方の名前が論文に記載されていたケースになります。

**PubMed**
2020-04-01 - 2021-06-01
["33993056", "33798408", "33466329", "33243834", "33188857", "33168699", "32865009", "32691018", "33529682", 
"32660330"]
["Cyclin F (CCNF)", "Sirtuin 5 (SIRT5)", "cell cycle", "ubiquitin", "metabolism"]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33168699
["pi+sm", "Sirtuin 5 (SIRT5)", "cell cycle", "ubiquitin", "metabolism"]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32691018
["pi", "metabolism"]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33466329
["pi", "metabolism"]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33243834
["pi", "metabolism"]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32660330
["sm", "metabolism"]

補足

main.rb

一件ずつ検索を行います。

main_all.rb

jpostid.txtに記載されたjPOST idについて連続して検索を行い(件数が多いとgoogleにはじかれます)、result.txtに検索結果を出力します。