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nfrerebeau committed Jun 5, 2024
1 parent cf0b79f commit 0f5d89d
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Showing 9 changed files with 182 additions and 0 deletions.
1 change: 1 addition & 0 deletions _quarto.yml
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -23,6 +23,7 @@ website:
href: https://packages.tesselle.org
- use.qmd
- learn/index.qmd
- posts/index.qmd
- text: "Guidelines"
menu:
- contributing.qmd
Expand Down
49 changes: 49 additions & 0 deletions posts/2021-universe/index.qmd
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,49 @@
---
title: "The tesselle universe"
description: "Install the tesselle packages from our repository on R-universe."
slug: tesselle-universe
categories:
- infrastructure
author:
- name: Nicolas Frerebeau
affiliation: CREAP (UAR 3414)
orcid: 0000-0001-5759-4944
date: 2021-08-15
image: runiverse.png
---

Most of the **tesselle** packages are distributed on [<abbr title="Comprehensive R Archive Network">CRAN</abbr>](https://cran.r-project.org/). Development versions can be installed from [GitHub](https://github.com/tesselle) using [`remotes`](https://remotes.r-lib.org) :

``` r
## Install a package from GitHub
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("tesselle/tabula")
```

Thanks to the [R-universe](https://ropensci.org/r-universe/) project powered by [rOpenSci](https://ropensci.org), **tesselle** has its own <abbr title="Comprehensive R Archive Network">CRAN</abbr>-like repository: [**tesselle.r-universe.dev**](https://tesselle.r-universe.dev). This repository allows to install all versions and non-<abbr title="Comprehensive R Archive Network">CRAN</abbr> packages (e.g. <abbr title="work-in-progress">WIP</abbr> packages and large data packages).

# Install from the repository

If you want to download and install a package from the [tesselle universe](https://tesselle.r-universe.dev), simply use `install.packages()` with the additional repository:

``` r
## Install a package from the 'tesselle' universe
install.packages("tabula", repos = "https://tesselle.r-universe.dev")
```

``` r
## Enable the repository globally
options(repos = c(tesselle = "https://tesselle.r-universe.dev",
CRAN = "https://cloud.r-project.org"))

## Install some packages
install.packages(c("tabula", "kairos"))
```

# Use the repository

You can use this repository in your R package (if available, <abbr title="Comprehensive R Archive Network">CRAN</abbr> releases must be regarded as the preferred source). To do so, prepare the `DESCRIPTION` file of your R package:

* List the package under `Suggests:`
* Add the line `Additional_repositories: https://tesselle.r-universe.dev`
* Test your package with `R CMD check --as-cran`
Binary file added posts/2021-universe/runiverse.png
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28 changes: 28 additions & 0 deletions posts/2022-archeometrie/index.qmd
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,28 @@
---
title: "Archéométrie 2022"
description: "Le projet tesselle présenté lors du XXIII^e^ colloque du <abbr title=\"Groupe des Méthodes Pluridisciplinaires Contribuant à l'Archéologie\">GMPCA</abbr>."
slug: archeometrie-2022
lang: fr-FR
categories:
- presentation
author:
- name: Nicolas Frerebeau
affiliation: CREAP (UAR 3414)
orcid: 0000-0001-5759-4944
- name: Brice Lebrun
affiliation: IRAMAT-CRP2A (UMR 5060)
orcid: 0000-0001-5759-4944
date: 2022-05-02
citation:
type: speech
genre: poster
event-title: "Archéométrie 2022"
event-place: "Chambéry, France"
title: "tesselle : un ensemble de packages R pour une recherche ouverte et reproductible en archéologie"
event-date: 2022
language: fr
url: https://hal.science/hal-03621152
pdf-url: https://hal.science/hal-03621152/file/2022_GMPCA_poster.pdf
---

Depuis plusieurs années, la recherche menée dans les différentes branches des sciences archéologiques --- au même titre que le reste des sciences humaines --- tend à produire des volumes de données de plus en plus importants. Au-delà des problèmes, non moins cruciaux, d'accès et d'archivage des données, se pose la question de la reproductibilité des résultats dès lors qu'il est fait appel à des méthodes statistiques. À quelques exceptions près, nombre de solutions logicielles sont propriétaires, ne garantissent pas un accès au code source ou une documentation exhaustive et ne permettent pas le développement aisé d'outils dédiés. Nous présentons ici le projet **tesselle** : un ensemble cohérent de packages R destinés à l'analyse et la visualisation de données en archéologie.
28 changes: 28 additions & 0 deletions posts/2023-digit-hum/index.qmd
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,28 @@
---
title: "Atelier Digit_Hum 2023"
description: "Retour d'expérience sur le développement de packages R en archéologie lors de la journée d'étude sur les humanités numériques de l'<abbr title=\"Ecole Normale Supérieure\">ENS</abbr>."
slug: digit-hum-2023
lang: fr-FR
categories:
- presentation
author:
- name: Nicolas Frerebeau
affiliation: Archéosciences Bordeaux (UMR 6034)
orcid: 0000-0001-5759-4944
date: 2023-10-12
bibliography: references.bib
citation:
type: speech
genre: talk
event-title: "Atelier Digit_Hum 2023"
event-place: "Paris, France"
container-title: "Programmer en SHS"
title: "R en archéologie : la révolution n'aura pas lieu"
event-date: 2023-10-12
language: fr
url: https://hal.science/hal-04261141
---

Au regard des liens étroits qu'elle entretient avec les mathématiques depuis la fin du XIX^e^ siècle, et avec l'informatique depuis le dernier quart du XX^e^ siècle, l'archéologie pourrait apparaitre comme un espace privilégié pour l'adoption de nouvelles pratiques numériques. Au début de la décennie, @schmidt2020 s'interrogeaient ainsi sur le rôle des méthodes numériques dans le développement de l'archéologie, notamment en termes de transparence et de reproductibilité de la recherche. Loin d'une révolution, les auteurs soulignent la lente transformation des pratiques, induite par l'usage des langages de script et de la programmation lettrée.

Partant d'un rapide tour d'horizon du contexte français, en termes d'enseignement et de recherche, cette contribution propose un retour d’expérience sur le développement de packages R en archéologie. En s'appuyant sur le projet **tesselle**, il s'agira de discuter les usages, les facteurs limitants et les évolutions possibles.
13 changes: 13 additions & 0 deletions posts/2023-digit-hum/references.bib
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,13 @@
@article{schmidt2020,
title = {Tool-{{Driven Revolutions}} in {{Archaeological Science}}},
author = {Schmidt, Sophie C. and Marwick, Ben},
date = {2020},
journaltitle = {Journal of Computer Applications in Archaeology},
volume = {3},
number = {1},
pages = {18--32},
issn = {2514-8362},
doi = {10.5334/jcaa.29},
langid = {english},
keywords = {archéologie,R,reproductibilité}
}
19 changes: 19 additions & 0 deletions posts/2024-sig-ssla/index.qmd
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,19 @@
---
title: "Scientific Scripting Languages in Archaeology"
description: "Presentation of the tesselle project at the monthly meeting of the <abbr title=\"Computer Applications in Archaeology\">CAA</abbr> Special Interest Group on Scientific Scripting Languages in Archaeology."
slug: sig-ssla-2025
categories:
- presentation
author:
- name: Nicolas Frerebeau
affiliation: Archéosciences Bordeaux (UMR 6034)
orcid: 0000-0001-5759-4944
date: 2024-06-05
citation: false
---

The **tesselle** project will be presented at the June meeting of the [CAA International](https://caa-international.org/) [Special Interest Group](https://caa-international.org/special-interest-groups) on [Scientific Scripting Languages in Archaeology](https://sslarch.github.io/).

The meeting will be held online on June 05, 2025 at 5pm CET.

<iframe src="https://archaeo.social/@CAA_SSLA/112551774760951460/embed" class="mastodon-embed" style="max-width: 100%; border: 0;" width="400" allowfullscreen="allowfullscreen"></iframe><script src="https://archaeo.social/embed.js" async="async"></script>
24 changes: 24 additions & 0 deletions posts/_metadata.yml
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,24 @@
# options specified here will apply to all posts in this folder

# freeze computational output
# (see https://quarto.org/docs/projects/code-execution.html#freeze)
freeze: true

# Enable banner style title blocks
title-block-banner: true

# Enable CC licence appendix
license: "CC BY"

# Default for table of contents
toc: true
toc-location: left

# Default knitr options
execute:
echo: true
message: true
warning: true

# Default fields for citation
citation: true
20 changes: 20 additions & 0 deletions posts/index.qmd
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,20 @@
---
title: Blog
description: |
Hear the latest about the **tesselle** packages.
listing:
id: posts
contents:
- "*.qmd"
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filter-ui: true
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