alphabetization in recursion #4

hident/hident.py

@@ -117,13 +117,18 @@ def requesteds_from_txt_file(self, textfile_name: str, colnum=0, header=None):
         logger.debug(requesteds)
         self.requesteds = list(requesteds)
 
-    def alphabetize_requesteds(self):
+    def alphabetize_terms(self, term_list) -> list:
         lf = self.label_frame
-        rts = self.requesteds
-        lf = lf.loc[lf['class'].isin(rts)]
+        lf = lf.loc[lf['class'].isin(term_list)]
         lf = lf.sort_values(by='label')
-        self.requesteds = list(lf['class'])
-        logger.info(lf)
+        alphabetized = list(lf['class'])
+        # logger.info(lf)
+        return alphabetized
+
+    def alphabetize_requesteds(self):
+        term_list = self.requesteds
+        alphabetized = self.alphabetize_terms(term_list)
+        self.requesteds = alphabetized
 
     def prepare_frame(self, frame_file_name: str, cols_to_tidy: list[str], header=1, sep="\t") -> pd.DataFrame:
         # assuming they're full IRIs (but without < or >
@@ -175,6 +180,7 @@ def indent_from_term(self, term_id: str, indent_level: int):
             indented_lab = padding + term_lab
             self.append_id_lab(term_id, indented_lab)
             subs = term_dict['subs']
+            subs = self.alphabetize_terms(subs)
             for i in subs:
                 new_indent_level = indent_level + 1
                 self.indent_from_term(i, new_indent_level)

target/soils_indented.tsv

@@ -2,8 +2,8 @@ id	indented_lab
 ENVO:01001835	alpine biome
 ENVO:01001505	  alpine tundra biome
 ENVO:01000219	anthropogenic terrestrial biome
-ENVO:01000246	  village biome
 ENVO:01000247	  rangeland biome
+ENVO:01000246	  village biome
 ENVO:01001838	arid biome
 ENVO:01000181	mangrove biome
 ENVO:01001836	montane biome
@@ -12,16 +12,16 @@ ENVO:01000216	  montane shrubland biome
 ENVO:01000339	polar biome
 ENVO:01000176	shrubland biome
 ENVO:01000216	  montane shrubland biome
-ENVO:01000215	  temperate shrubland biome
-ENVO:01000214	  tropical shrubland biome
 ENVO:01000213	  subtropical shrubland biome
 ENVO:01000217	    mediterranean shrubland biome
+ENVO:01000215	  temperate shrubland biome
+ENVO:01000214	  tropical shrubland biome
 ENVO:01001837	subalpine biome
 ENVO:01001834	subpolar biome
 ENVO:01001832	subtropical biome
 ENVO:01001833	  mediterranean biome
-ENVO:01000217	    mediterranean shrubland biome
 ENVO:01000229	    mediterranean savanna biome
+ENVO:01000217	    mediterranean shrubland biome
 ENVO:01000208	    mediterranean woodland biome
 ENVO:01000187	  subtropical savanna biome
 ENVO:01000229	    mediterranean savanna biome
@@ -31,24 +31,24 @@ ENVO:01000222	  subtropical woodland biome
 ENVO:01000208	    mediterranean woodland biome
 ENVO:01001831	temperate biome
 ENVO:01000189	  temperate savanna biome
-ENVO:01000221	  temperate woodland biome
 ENVO:01000215	  temperate shrubland biome
+ENVO:01000221	  temperate woodland biome
 ENVO:01001830	tropical biome
-ENVO:01000220	  tropical woodland biome
 ENVO:01000188	  tropical savanna biome
 ENVO:01000214	  tropical shrubland biome
+ENVO:01000220	  tropical woodland biome
 ENVO:01000180	tundra biome
 ENVO:01001505	  alpine tundra biome
 ENVO:01000249	urban biome
 ENVO:01000175	woodland biome
-ENVO:01000222	  subtropical woodland biome
-ENVO:01000208	    mediterranean woodland biome
 ENVO:01000178	  savanna biome
 ENVO:01000190	    flooded savanna biome
-ENVO:01000189	    temperate savanna biome
-ENVO:01000188	    tropical savanna biome
 ENVO:01000223	    montane savanna biome
 ENVO:01000187	    subtropical savanna biome
 ENVO:01000229	      mediterranean savanna biome
+ENVO:01000189	    temperate savanna biome
+ENVO:01000188	    tropical savanna biome
+ENVO:01000222	  subtropical woodland biome
+ENVO:01000208	    mediterranean woodland biome
 ENVO:01000221	  temperate woodland biome
 ENVO:01000220	  tropical woodland biome