@vicentecalfo/eoo-aoo-calc

EOO/AOO Calculator

Calculadora de Extensão de ocorrência (EOO) e Área de ocupação (AOO).

Instalation

npm install @vicentecalfo/eoo-aoo-calc --save

Utilização

// Importação dos dados de ocorrência
import data from './dataset-sample.json'

import { AOO, EOO } from '@vicentecalfo/eoo-aoo-calc'

const coordinates = data.map(({ longitude, latitude }) => ({ longitude, latitude }))

const aoo = new AOO({ coordinates })
const aooValue = aoo.calculate({ gridWidthInKm: 2 })
//console.log(aooValue)
/** output
 * {
 *      areaInSquareKm -> valor de AOO em Km2
        occupiedGrids -> GeoJson das quadrículas ocupadas
        totalOccupiedGrids -> total de quadrícolas ocupadas
        gridAreaInSquareKm -> área da quadrícola gerada em Km2
        gridWidthInKm -> largura da quadrícola gerada em Km
        totalPoints -> total de ocorrências usadas
        totalRedundantPoints -> total de ocorrências com coordenadas reduntantes redundantes
        usedPointCollection -> GeoJson dos pontos (ocorrências) usados
        executionTimeInSeconds -> tempo de execução dos cálculos em segundos
 * }
*/

const eoo = new EOO({ coordinates })
const eooValue = eoo.calculate()
//console.log(eooValue)
/** output
 * {
 *      areaInSquareKm -> valor de EOO em Km2
        totalPoints -> total de ocorrências usadas
        totalRedundantPoints -> total de ocorrências com coordenadas reduntantes redundantes
        usedPointCollection -> GeoJson dos pontos (ocorrências) usados
        convexHullPolygon -> GeoJon da área de EOO
        executionTimeInSeconds -> tempo de execução dos cálculos em segundos
 * }
 * 
*/

CLI

Instalação

npm install -g @vicentecalfo/eoo-aoo-calc

Utilização

$ calc-eoo-aoo <tipo de cálculo (eoo ou aoo))> -i <Caminho do arquivo JSON|CSV que contém os dados de ocorrência da espécie>

Exemplos

Obtendo Valor de EOO

$ calc-eoo-aoo eoo - i ./sample-data/points_data_1.csv

Obtendo Valor de AOO

$ calc-eoo-aoo aoo - i ./sample-data/points_data_1.csv -w 2

Parâmetros

EOO e AOO

Opção	Descrição	Valor Padrão	Obrigatório
-i	Caminho do arquivo JSON/CSV que contém os dados de ocorrência da espécie (verificar os exemplos no diretório sample-data).	-	Sim
-o	Caminho com o local onde serão armazenados os arquivos de resultado.	Mesmo diretório de onde o comando foi executado	Não
-f	Cria um diretório simples, apenas com uma pasta EOO/AOO.	False	Não
-v	Tipo da saída no terminal (com detalhes ou sem detalhes). Na opção sem detalhes o script ao finalizar a execução só mostrará no terminal o diretório onde os arquivos de resultados estão armazenados.	True (saída com detalhes)	Não
-h	Lista de comandos disponíveis e documentação (help).	-	Não

Específico de AOO

Opção	Descrição	Valor Padrão	Obrigatório
-w	Largura da quadrícula em Km.	2	Não

Arquivos de Resultado

Para evitar sobreposição dos arquivos, os resultados são armazenados em um diretório composto por um código único:

Informando o campo binomial no arquivo de ocorrências

<tipo de cálculo (eoo ou aoo)>-<binomial>-<código único>

Exemplos:

• EOO-Tabebuia bahamensis-85bde5e3-da75-484c-8846-f4de41ceb859
• AOO-Archidendron muricarpum-eb668422-fcd9-44c9-b31a-134d4cb2e1dd

Sem o campo binomial no arquivo de ocorrências

<tipo de cálculo (eoo ou aoo)>-<código único>

Exemplos:

• EOO-85bde5e3-da75-484c-8846-f4de41ceb859
• AOO-eb668422-fcd9-44c9-b31a-134d4cb2e1dd

Usando o parâmetro -f

O parâmetro -f é usado para criar um diretório de resultado simples (EOO/AOO), sem a informação da espécie como indicado anteriormente.

Arquivos de Entrada (ocorrências)

Exemplo CSV

Importante: As únicas colunas obrigatórias são longitude e latitude.

assessment_id,id_no,binomial,presence,origin,seasonal,compiler,year,citation,legend,subspecies,subpop,dist_comm,island,tax_comm,source,basisofrec,event_year,longitude,latitude
143761594,142719676,Archidendron muricarpum,1,1,1,PNG Forest Research Institute (FRI),2020,PNG FRI,Extant (resident),,,,,,,PreservedSpecimen,1956,150.916667,-10.0
143761594,142719676,Archidendron muricarpum,1,1,1,PNG Forest Research Institute (FRI),2020,PNG 

Exemplo JSON

Importante: Os únicos atributos obrigatórios são longitude e latitude.

[
  {
    "assessment_id": 143761594,
    "id_no": 142719676,
    "binomial": "Archidendron muricarpum",
    "presence": 1,
    "origin": 1,
    "seasonal": 1,
    "compiler": "PNG Forest Research Institute (FRI)",
    "year": 2020,
    "citation": "PNG FRI",
    "legend": "Extant (resident)",
    "subspecies": "",
    "subpop": "",
    "dist_comm": "",
    "island": "",
    "tax_comm": "",
    "source": "",
    "basisofrec": "PreservedSpecimen",
    "event_year": 1956,
    "longitude": 150.916667,
    "latitude": -10
  },
  /// ...
]

Arquivos de Resultado

Dentro do diretório sample-data/output existem 2 diretórios com os exemplos dos arquivos de resultados.

EOO

Arquivo	Descrição
summary.json	Arquivo com o valor do EOO.
summary.csv	Arquivo com o valor do EOO.
used-point-collection.json	GeoJson com o pontos usados no cálculo.
used-point-collection.zip	Shape file com o pontos usados no cálculo.
convex-hull.json	GeoJson com o polígono gerado.
convex-hull.zip	Shape file com o polígono gerado.
viewer.html	Mapa com os dados de used-point-collection.json e convex-hull.json projetados.

AOO

Arquivo	Descrição
summary.json	Arquivo com o valor do AOO.
summary.csv	Arquivo com o valor do AOO.
used-point-collection.json	GeoJson com o pontos usados no cálculo.
used-point-collection.zip	Shape file com o pontos usados no cálculo.
occupied-grids.json	GeoJson com as quadrículas ocupadas.
occupied-grids.zip	Shape file com as quadrículas ocupadas.
viewer.html	Mapa com os dados de used-point-collection.json e occupied-grids.json projetados.

Informações Adicionais

• No diretório sample-data existem arquivos no formato json com exemplos da estrutura dos dados de entrada;
• Ainda no diretório sample-data existem os mesmos arquivos json em formato CSV, que podem ser usados na ferramenta online GeoCat para validação dos resultados;
• Link para o manual de avaliação de risco de extinção da IUCN em português.

To-Do

• Traduzir para inglês o arquivo de documentação (readme.md)