¡Bienvenid@s al Taller de introducción al biocómputo en sistemas GNU/Linux!
El trabajo en genómica se realiza en servidores UNIX o GNU/Linux de alto rendimiento. Recomiendo por tanto que te familiarices con este ambiente de cómputo al inicio de tu formación académica.
Este taller tiene por objetivos iniciarte en el camino del biocómputo en sistemas GNU/Linux y ayudarte a descubrir un ambiente de cómputo mucho más amigable y poderoso que el que posiblemente conoces hasta ahora.
Aprenderás todo lo necesario para un arranque rápido, útil, entretenido y exitoso de programación/scripting del Linux Shell, usando ejemplos relevantes para el análisis de secuencias moleculares y datos asociados. Se pondrá especial énfasis en el parseo de archivos tabulares y en formato FASTA usando las herramientas de filtrado del Shell y mediante el uso de scripts escritos principalmente en los lenguajes AWK y Bash, con algún ejemplo de Perl. Se presentan muchos ejemplos de código completo, cuidadosamente comentado y de complejidad creciente, con los que se ilustra paso a paso el funcionamiento del Shell, así como la construcción de tuberías de comandos y una detallada introducción a la programación en AWK y Bash, incluyendo la construcción de pipelines bioinformáticos.
1a. Edición: semestre 2021-1, impartido para alumnos de:
v.2020-11-25
Hola, me llamo Pablo Vinuesa. Soy investigador titular del Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México - UNAM.
Mis líneas de investigación integran la genómica y la bioinformática con la biología y genética molecular para entender la evolución y emergencia de patógenos oportunistas a partir de microbios ambientales.
A través de estas páginas se distribuyen los apuntes, ejercicios y datos que se usarán en el Taller. Es una recopilación del material que he desarrollado para diversos cursos y talleres que ha impartido principalmente en la Universidad Nacional Autónoma de México - UNAM, pero también en otras universidades y países, como Argentina, Brasil, España y Puerto Rico, enlistados en esta página: Talleres y Cursos impartidos por Pablo Vinuesa.
El material docente del curso intro2linux lo distribuyo públicamente a través de este repositorio GitHub bajo la Licencia No Comercial Creative Commons 4.0
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0
El código asociado a este Taller se distribuye bajo la licencia GNU General Public License v3
Si tienes instalado git en tu computadora, puedes clonar el repositorio con el comando:
git clone https://github.com/vinuesa/intro2linux.git
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En ubuntu es muy fácil instalar git:
sudo apt install git -
También en mobaXterm es posible instalar git como un plugin mobaXterm - plugins
abre una consola de moba (ver instrucciones de instalación abajo) y teclea
sudo apt-get install git
Una vez clonado, puedes actualizar tu copia del repo entrando al directorio donde lo clonaste con el comando anterior y ejecutando el siguiente:
git pull
También puedes descargar la distribución como archivo comprimido "zip", o descargar los archivos individuales que desees desde las carpetas docs y data.
Les comparto unas notas elaboradas por la UATI de la @lcg_unam sobre instalación de mobaXterm - home edition en máquinas Windows para poder establecer conexiones remotas a servidores vía SSH y tener acceso a una consola Linux corriendo bash
En este repositorio encontrarás dos tutoriales:
- uno corto y básico en formato pdf para los que nunca han trabajado antes con la cosola de comandos
- otro extenso y avanzado en formato html
Tutorial corto básico para los que nunca han trabajado antes con la línea de comandos de UNIX o GNU/Linux
Se describen los siguientes conceptos básicos:
- Qué es el biocómputo?
- Qué es GNU/Linux?
- Qué es el Shell?
- Cómo me conecto a un servidor remoto vía ssh?
- Revisaremos comandos básicos y cómo moverte por el sistema de archivos