CIF to ice

Group 14 elements have a four-coordination network structure like ice, and their hypothetical crystal structure has been studied in considerable detail.

• Shi, X., He, C., Pickard, C. J., Tang, C. & Zhong, J. Stochastic generation of complex crystal structures combining group and graph theory with application to carbon. Phys. Rev. B Condens. Matter 97, 014104 (2018)

From the CIF files (Crystallographic Information File) provided in these references, ice structures can be created.

First, install genice2-cif.

$ pip install genice2-cif

This is used to convert CIF files to GenIce's lattices plugin.

$ mkdir lattices
$ genice2 cif[crystal.cif] -y python > lattices/crystal.py

And produce ice structures.

$ genice2 crystal > crystal.gro

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14族元素は氷と同じく4配位のネットワーク構造をもっており、その仮想的な結晶構造はかなり詳しく調べられています。

• Shi, X., He, C., Pickard, C. J., Tang, C. & Zhong, J. Stochastic generation of complex crystal structures combining group and graph theory with application to carbon. Phys. Rev. B Condens. Matter 97, 014104 (2018)

これらの文献で提供されているCIFファイル (Crystallographic Information File)から、氷の構造を作ることができます。

まず、genice2-cifをインストールして下さい。

$ pip install genice2-cif

これを用い、CIF ファイルをGenIceのlatticesプラグインに変換します。

$ mkdir lattices
$ genice2 cif[crystal.cif] -y python > lattices/crystal.py

そして、氷の構造を生成します。

$ genice2 crystal > crystal.gro