Logs suppressed

[arokem]

In a run of pyAFQ that I did yesterday, I get a few warnings raised and lots of tqdm progress bars, but no logs otherwise:

(afq) ➜  NKI pyAFQ ./afq_config.toml    
Loading AFQ libraries...
INFO:pyAFQ:Your use of pyAFQ is being recorded using Google Analytics. For more information, please refer to the pyAFQ documentation: https://yeatmanlab.github.io/pyAFQ/usage.html#usage-tracking-with-google-analytics. To turn this off, use the `--notrack` flag when using the pyAFQ CLI
100%|███████████████████████████████| 172104/172104.0 [00:48<00:00, 3532.95it/s]
100%|███████████████████████████████| 209744/209744.0 [01:01<00:00, 3393.21it/s]
100%|█████████████████████████████████| 164266/164266 [1:16:54<00:00, 35.60it/s]
WARNING:AFQ.api.seg:0 invalid streamlines removed
100%|███████████████████████████████████| 77070/77070 [00:13<00:00, 5528.98it/s]
100%|███████████████████████████████████| 75069/75069 [00:11<00:00, 6491.58it/s]
100%|███████████████████████████████████| 21284/21284 [00:06<00:00, 3065.88it/s]
100%|███████████████████████████████████| 19408/19408 [00:05<00:00, 3257.69it/s]
100%|██████████████████████████████████| 41860/41860 [00:04<00:00, 10412.55it/s]
100%|███████████████████████████████████| 34826/34826 [00:03<00:00, 9804.04it/s]
100%|███████████████████████████████████| 75223/75223 [00:31<00:00, 2380.06it/s]
100%|███████████████████████████████████| 77786/77786 [00:32<00:00, 2421.78it/s]
100%|███████████████████████████████████| 68736/68736 [00:59<00:00, 1159.66it/s]
100%|████████████████████████████████████| 73393/73393 [01:15<00:00, 978.39it/s]
100%|█████████████████████████████████| 100648/100648 [00:59<00:00, 1689.81it/s]
100%|███████████████████████████████████| 97667/97667 [00:51<00:00, 1889.75it/s]
100%|███████████████████████████████████| 80346/80346 [00:31<00:00, 2557.74it/s]
100%|███████████████████████████████████| 74406/74406 [00:29<00:00, 2550.86it/s]
100%|███████████████████████████████████| 41361/41361 [00:09<00:00, 4580.25it/s]
100%|███████████████████████████████████| 34049/34049 [00:08<00:00, 4247.91it/s]
100%|█████████████████████████████████| 389622/389622 [02:34<00:00, 2528.48it/s]
100%|█████████████████████████████████| 389622/389622 [00:56<00:00, 6835.59it/s]
100%|█████████████████████████████████| 389622/389622 [02:11<00:00, 2968.97it/s]
100%|█████████████████████████████████| 389622/389622 [00:55<00:00, 6960.80it/s]
100%|█████████████████████████████████| 389622/389622 [02:00<00:00, 3221.13it/s]
100%|█████████████████████████████████| 389622/389622 [04:38<00:00, 1400.66it/s]
100%|█████████████████████████████████| 389622/389622 [01:52<00:00, 3450.49it/s]
100%|█████████████████████████████████| 389622/389622 [01:35<00:00, 4060.58it/s]
100%|█████████████████████████████████| 201791/201791 [1:31:27<00:00, 36.78it/s]
WARNING:AFQ.api.seg:0 invalid streamlines removed
100%|█████████████████████████████████| 101481/101481 [00:11<00:00, 8556.49it/s]
100%|███████████████████████████████████| 86635/86635 [00:10<00:00, 7890.55it/s]
100%|███████████████████████████████████| 23833/23833 [00:06<00:00, 3870.73it/s]
100%|███████████████████████████████████| 26218/26218 [00:06<00:00, 3853.42it/s]
100%|███████████████████████████████████| 39169/39169 [00:04<00:00, 8793.37it/s]
100%|███████████████████████████████████| 38036/38036 [00:04<00:00, 8833.33it/s]
100%|█████████████████████████████████| 104225/104225 [00:43<00:00, 2371.81it/s]
100%|█████████████████████████████████| 102053/102053 [00:39<00:00, 2569.93it/s]
100%|███████████████████████████████████| 96875/96875 [01:27<00:00, 1101.67it/s]
100%|████████████████████████████████████| 98825/98825 [01:40<00:00, 979.52it/s]
100%|█████████████████████████████████| 130512/130512 [01:04<00:00, 2016.38it/s]
100%|█████████████████████████████████| 127761/127761 [01:12<00:00, 1765.43it/s]
100%|█████████████████████████████████| 102347/102347 [00:37<00:00, 2745.74it/s]
100%|███████████████████████████████████| 91560/91560 [00:38<00:00, 2402.91it/s]
100%|███████████████████████████████████| 60763/60763 [00:15<00:00, 3976.49it/s]
100%|███████████████████████████████████| 47004/47004 [00:11<00:00, 4167.46it/s]
100%|█████████████████████████████████| 517567/517567 [03:26<00:00, 2511.48it/s]
100%|█████████████████████████████████| 517567/517567 [01:09<00:00, 7451.15it/s]
100%|█████████████████████████████████| 517567/517567 [03:12<00:00, 2686.45it/s]
100%|█████████████████████████████████| 517567/517567 [01:18<00:00, 6609.28it/s]
100%|█████████████████████████████████| 517567/517567 [02:45<00:00, 3131.37it/s]
100%|█████████████████████████████████| 517567/517567 [06:14<00:00, 1381.43it/s]
100%|█████████████████████████████████| 517567/517567 [02:41<00:00, 3207.02it/s]
100%|█████████████████████████████████| 517567/517567 [02:33<00:00, 3376.25it/s]
WARNING:AFQ.api:To make plots in pyAFQ, you will need to install the relevant plotting software packages.You can do that by installing pyAFQ with `pip install AFQ[plot]`
WARNING:AFQ.api:AFQ Browser is not installed, so AFQ Browswer instance cannot be assembled. AFQ Browser can be installed with: `pip install pyAFQ[afqbrowser]` or `pip install AFQ-Browser>=0.3`

Is that intentional?

[36000]

I think this is the default behavior of logging (to only show warnings and above), and can happen even when not using the command line.