Vis_Zoo Fase1

No presente projeto, propusemos visualizações das bases de dados de algumas coleções de biodiversidade do Museu Nacional. Os dados que serviram de base para as visualizações pertencem ao Museu Nacional e todos os códigos e gráficos gerados a partir dos dados devem fazer referência a esta instituição. As planilhas originais foram removidas do presente repositório para a finalidade de torná-lo público. Um exemplo de gráfico proposto pode ser acessado aqui.

As visualizações foram desenvolvidas como trabalho de Mestrado do aluno Franklin Alves de Oliveira, documentado na dissertação Visualização de coleções científicas digitais de biodiversidade: um framework em Altair, Python, defendida em março de 2021, orientado por Asla Medeiros e Sá.

Pessoas:

• Coordenação:

  • Asla Medeiros e Sá, FGV EMAp;
  • trabalho de Mestrado da FGV EMAp do aluno Franklin Alves de Oliveira, documentado na dissertação Visualização de coleções científicas digitais de biodiversidade: um framework em Altair, Python, defendida em março de 2021, orientado por Asla Medeiros e Sá. Um exemplo de gráfico proposto pode ser acessado aqui.

• Colaboradores:

  • Karina Rodriguez Echavarria, University of Brighton, UK;
  • Bruno Schneider.

• Curadores e técnicos de coleções zoológicas do PPGZoo - Museu Nacional - UFRJ.

  • Cristiana Silveira Serejo - Carcinologia;
  • Paulo Passos, Manoela Woitovicz Cardoso e Pedro Pinna - Herpetologia;
  • Joana Zanol e Camila Messias - Polychaeta.

Artigos publicados:

• 2022 - Camila Simões M. A. Messias, Franklin Alves de Oliveira, Monique Cristina dos Santos, Asla Medeiros e Sá and Joana Zanol - New perspectives of Polychaeta collection database from National Museum/UFRJ using information visualization techniques to analyze and manage biological collection presented in SILPOLY 2022, Puerto Varas, Chile, on 22-25 November 2022.

• 2022 - Asla Medeiros e Sá, Franklin Alves de Oliveira and Bruno Schneider et al.: Visually Overviewing Biodiversity Open Data Digital Collections, ODAK 2022: Symposium on Open Data and Knowledge for a Post-Pandemic Era, Brighton, UK.

• 2021 - Asla Medeiros e Sá, Franklin Alves de Oliveira e Cristiana Silveira Serejo: Visualização de Informação como Ferramenta de Apoio à Curadoria de Dados em Coleções Biológicas, Revista Museologia & Interdiciplinariedade, v10, n. especial 2021.

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Nota: Este repositório corresponde à Fase 1 do projeto que foi concluída em 2021. Todos os dados que serviram de base para estas visualizações são referentes à bases de dados de 2020. Página atualizada do projeto VisZoo.

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Requisitos:

Todo o código foi desenvolvido em Python 3, com uma distribuição Anaconda. A instalação dessa distribuição é opcional. No entanto, para garantir que todo o código funcionará corretamente, é necessária a instalação das bibliotecas listadas a seguir:

altair - matplotlib - numpy - pandas - pathlib2 - pywaffle

Para instalar cada uma delas, basta executar o seguinte comando em uma instância do terminal:

pip install nome_da_biblioteca

Todas as bibliotecas necessárias, assim como suas versões utilizadas para o desenvolvimento deste projeto, estão listadas no arquivo requirements.txt. Para instalar todas elas, basta abrir o terminal (ou Anaconda Prompt) na pasta raiz do projeto e executar o seguinte comando:

pip install -r requirements.txt

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OBS: Todo o código aqui apresentado foi desenvolvido em Linux (distribuição Ubuntu 19.04) e, para que funcione corretamente no Windows, deve ser feito um ajuste no caminho de pasta de cada gráfico, conforme o exemplo abaixo:

Considere o seguinte caminho de pasta para salvar o arquivo denominado grafico.svg:

./caminho/para/pasta/grafico.svg

Este deve ser alterado para:

.\\caminho\\para\\pasta\\grafico.svg

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Conteúdo:

Pastas:

• colecoes: essa pasta contém visualizações de dados agregados quantitativos das coleções dos diferentes departamentos do Museu Nacional (MN).
• crustacea e carcinos: armazenam códigos em Python 3 (arquivos .ipynb) e arquivos de visualização criados para a base de dados MN-Crustacea.
• repteis: contém todo o material criado para exploração e visualização da base de dados MN-Repteis.
• poliqueta: contém todo o material criado para exploração e visualização da base de dados MN-Polychaeta.