[ADAM-1585] Support additional Illumina FASTQ metadata.

Resolves #1585, #1589. Adds regex to cover new metadata that Illumina added into FASTQ name line. Also, adds a regex to the InterleavedFastqInputFormat that checks for a wider range of supported first-of-read ending suffices.
bigdatagenomics · Jul 11, 2017 · 7a11d9e · 7a11d9e
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diff --git a/adam-core/src/main/java/org/bdgenomics/adam/io/InterleavedFastqInputFormat.java b/adam-core/src/main/java/org/bdgenomics/adam/io/InterleavedFastqInputFormat.java
@@ -19,6 +19,8 @@
 
 import java.io.EOFException;
 import java.io.IOException;
+import java.util.regex.Matcher;
+import java.util.regex.Pattern;
 import org.apache.hadoop.fs.Path;
 import org.apache.hadoop.conf.Configuration;
 import org.apache.hadoop.io.Text;
@@ -71,6 +73,9 @@ public final class InterleavedFastqInputFormat extends FileInputFormat<Void, Tex
  */
  private static class InterleavedFastqRecordReader extends FastqRecordReader {
 
+ private final String firstReadSuffix = ".+([/ +_]1| 1:[YN]:[02468]+:[0-9]+)$";
+ private Pattern firstReadRegex;
+
  InterleavedFastqRecordReader(final Configuration conf,
  final FileSplit split) throws IOException {
  super(conf, split);
@@ -90,10 +95,19 @@ private static class InterleavedFastqRecordReader extends FastqRecordReader {
  * formatted pair of FASTQ records.
  */
  protected boolean checkBuffer(final int bufferLength, final Text buffer) {
- return (bufferLength > 2 &&
- buffer.getBytes()[0] == '@' &&
- buffer.getBytes()[bufferLength - 2] == '/' &&
- buffer.getBytes()[bufferLength - 1] == '1');
+ if (firstReadRegex == null) {
+ firstReadRegex = Pattern.compile(firstReadSuffix);
+ }
+
+ if (bufferLength > 2 &&
+ buffer.getBytes()[0] == '@') {
+
+ // attempt to match regex
+ Matcher bufferMatcher = firstReadRegex.matcher(buffer.toString());
+ return bufferMatcher.matches();
+ } else {
+ return false;
+ }
  }
 
  /**

diff --git a/adam-core/src/main/scala/org/bdgenomics/adam/converters/FastqRecordConverter.scala b/adam-core/src/main/scala/org/bdgenomics/adam/converters/FastqRecordConverter.scala
@@ -32,7 +32,7 @@ import scala.collection.JavaConversions._
  * FASTQ format is:
  *
  * {{{
- * @readName
+ * @readName<optional whitespace read:is filtered:control number:sample number>
  * sequence
  * +<optional readname>
  * ASCII quality scores
@@ -42,9 +42,12 @@ private[adam] class FastqRecordConverter extends Serializable with Logging {
 
  private val firstReadSuffix = """[/ +_]1$"""
  private val secondReadSuffix = """[/ +_]2$"""
+ private val illuminaMetadata = """ [12]:[YN]:[02468]+:[0-9]+$"""
  private val firstReadRegex = firstReadSuffix.r
  private val secondReadRegex = secondReadSuffix.r
- private val suffixRegex = "%s|%s".format(firstReadSuffix, secondReadSuffix).r
+ private val suffixRegex = "%s|%s|%s".format(firstReadSuffix,
+ secondReadSuffix,
+ illuminaMetadata).r
 
  /**
  * @param readName The name of the read.

diff --git a/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample2.ifq b/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample2.ifq
@@ -1,23 +1,23 @@
 GTTAGGGTTAGGGTTGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGCTAGGGTTAAGGGTAGGGTTAGCGAAAGGGCTGGGGTTAGGGGTGCGGGTACGCGTAGCATTAGGGCTAGAAGTAGGATCTGCAGTGCCTGACCGCGTCTGCGCGGCGACTGCCCAAAGCCTGGGGCCGACTCCAGGCTGAAGCTCAT
 +
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+@H06HDADXX130110:2:2116:3345:91806_2
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 +
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+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672_1
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 +
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 +
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 +
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 +
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diff --git a/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample2.ifq.output b/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample2.ifq.output
@@ -1,19 +1,19 @@
 >>>interleaved fastq record start>>>
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+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672_1
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 +
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 +
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 <<<interleaved fastq record end<<<
 >>>interleaved fastq record start>>>
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+@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322_1
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 +
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-@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322/2
+@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322_2
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 +
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diff --git a/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample3.ifq b/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample3.ifq
@@ -1,20 +1,20 @@
-@H06HDADXX130110:2:2116:3345:91806/2
+@H06HDADXX130110:2:2116:3345:91806 2
 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCGTACCCTAAACCCAACCCTAACCACAAAGCAAATCCCAACCTTAACCGGAACCCGAAATCTCGCAGCAAATCTGCAGTAGAGACGCAGACTCAACCATGCGTCTATTAGTACGCATTATCATTGCCTCATGCTTCTTAAGTACAGAGAGATGAC
 +
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+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672 1
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 +
 69+26933-:7;;135,53<>7<692(?2=9:**;<=#####################################################################################################################################################################################################################
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+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672 2
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 +
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 +
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 +
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diff --git a/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample3.ifq.output b/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample3.ifq.output
@@ -1,19 +1,19 @@
 >>>interleaved fastq record start>>>
-@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672/1
+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672 1
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 +
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 AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTATCGTCAAACCTTACCTCCTCCCTAGCCTCCACCCTGACCATGACACCAACCATCAGCCTTATAGAAAACCCCAGAGATGCTCTTATCCTATACCACAATTACCCCATAACGAAAGAAAGGACTGAAAACAAATAAGTAAAATTCGTACAAATTATATCTATGAGTATGTCCCTGAGTGTAGGTGTAGGTGCATCC
 +
 =>:=>@=?<>>??>;:<?<=;<<?>=;:8;=(5)0-6;1:>?<>##############################################################################################################################################################################################################
 <<<interleaved fastq record end<<<
 >>>interleaved fastq record start>>>
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 AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACTCTAACCCTAACCCTAACCCTAACGGTAACCCTTACCCTTACTGTAACGCTTATCCTAAATCAAATTCTTCCTCTTAAGATCGCTGTTAAAATTAATCCTATTAGAACAGGTCTTCTGGCACCAAGTTATGTCAATATCCCTTACTCTAAACATGCCTTGATCTCTCATGCATCACTTCAGCACAGCTCTTATGGATCTAGGATCCTCAGT
 +
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+@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322 2
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 +
 >>;>*9?:@??@@????@????>@?>>@>@?>?????@@???????=<??8;*;:>?;+A?@?>89?@######################################################################################################################################################################################

diff --git a/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample4.ifq b/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample4.ifq
@@ -1,18 +1,18 @@
 +
 ==;<?>@@@<>>@??<>>???<=>>?>:><@?4=:>7=5=>:<=@;'@A?########################################################################################################################################################################################################
-@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672/1
+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672+1
 GGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGCTAGGGATAGGGGTAGGGTTGGGGTTGGTCATCGGGTGTTTCTTTGTGTTTGAGGTTGATTATTGTGATGGTTAAGGTATCTAGGTATTGTAAAAGTTGGCTTTTAACTTAGAAAATTATGTCATTCTGTTCACAAGTGTTTAGATTGGTAGATAGGTACTATGCGATCACTTCCATTGGCTGAGAGTTCGATTGATTATGAGCCACGCTAGTGGTTGAGATCT
 +
 69+26933-:7;;135,53<>7<692(?2=9:**;<=#####################################################################################################################################################################################################################
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+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672+2
 AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTATCGTCAAACCTTACCTCCTCCCTAGCCTCCACCCTGACCATGACACCAACCATCAGCCTTATAGAAAACCCCAGAGATGCTCTTATCCTATACCACAATTACCCCATAACGAAAGAAAGGACTGAAAACAAATAAGTAAAATTCGTACAAATTATATCTATGAGTATGTCCCTGAGTGTAGGTGTAGGTGCATCC
 +
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+@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322+1
 AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACTCTAACCCTAACCCTAACCCTAACGGTAACCCTTACCCTTACTGTAACGCTTATCCTAAATCAAATTCTTCCTCTTAAGATCGCTGTTAAAATTAATCCTATTAGAACAGGTCTTCTGGCACCAAGTTATGTCAATATCCCTTACTCTAAACATGCCTTGATCTCTCATGCATCACTTCAGCACAGCTCTTATGGATCTAGGATCCTCAGT
 +
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+@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322+2
 AGGGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGATAGGGCTAGGGTTAGGGATAGGGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTATCGATAGGGATAGGGATAGGGATAGAGTTAGGGCTATGGGTAGGGTTAGAGTCAGGGAAAGAGATAGGGATGGAGATGGGGTTAAAAAGAAGTCAAGGAATTAAGGTAGGGAAACGGTTCGAGATCTGTAAAGGGCAACGA
 +
 >>;>*9?:@??@@????@????>@?>>@>@?>?????@@???????=<??8;*;:>?;+A?@?>89?@######################################################################################################################################################################################
diff --git a/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample4.ifq.output b/adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample4.ifq.output
@@ -1,19 +1,19 @@
 >>>interleaved fastq record start>>>
-@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672/1
+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672+1
 GGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGCTAGGGATAGGGGTAGGGTTGGGGTTGGTCATCGGGTGTTTCTTTGTGTTTGAGGTTGATTATTGTGATGGTTAAGGTATCTAGGTATTGTAAAAGTTGGCTTTTAACTTAGAAAATTATGTCATTCTGTTCACAAGTGTTTAGATTGGTAGATAGGTACTATGCGATCACTTCCATTGGCTGAGAGTTCGATTGATTATGAGCCACGCTAGTGGTTGAGATCT
 +
 69+26933-:7;;135,53<>7<692(?2=9:**;<=#####################################################################################################################################################################################################################
-@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672/2
+@H06HDADXX130110:1:2103:11970:57672+2
 AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTATCGTCAAACCTTACCTCCTCCCTAGCCTCCACCCTGACCATGACACCAACCATCAGCCTTATAGAAAACCCCAGAGATGCTCTTATCCTATACCACAATTACCCCATAACGAAAGAAAGGACTGAAAACAAATAAGTAAAATTCGTACAAATTATATCTATGAGTATGTCCCTGAGTGTAGGTGTAGGTGCATCC
 +
 =>:=>@=?<>>??>;:<?<=;<<?>=;:8;=(5)0-6;1:>?<>##############################################################################################################################################################################################################
 <<<interleaved fastq record end<<<
 >>>interleaved fastq record start>>>
-@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322/1
+@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322+1
 AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACTCTAACCCTAACCCTAACCCTAACGGTAACCCTTACCCTTACTGTAACGCTTATCCTAAATCAAATTCTTCCTCTTAAGATCGCTGTTAAAATTAATCCTATTAGAACAGGTCTTCTGGCACCAAGTTATGTCAATATCCCTTACTCTAAACATGCCTTGATCTCTCATGCATCACTTCAGCACAGCTCTTATGGATCTAGGATCCTCAGT
 +
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-@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322/2
+@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322+2
 AGGGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGATAGGGCTAGGGTTAGGGATAGGGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTATCGATAGGGATAGGGATAGGGATAGAGTTAGGGCTATGGGTAGGGTTAGAGTCAGGGAAAGAGATAGGGATGGAGATGGGGTTAAAAAGAAGTCAAGGAATTAAGGTAGGGAAACGGTTCGAGATCTGTAAAGGGCAACGA
 +
 >>;>*9?:@??@@????@????>@?>>@>@?>?????@@???????=<??8;*;:>?;+A?@?>89?@######################################################################################################################################################################################