AB Position Frequency Matrix

--pos_freq_mat, -pfm

Implemented in version 1.3

Description

Print a matrix with the frequency of each residue at each position in the alignment

Examples

Input file: Ctenophores.nex

#NEXUS
begin data;
        dimensions ntax=5 nchar=18;
        format datatype=dna missing=? gap=-;
matrix
'Ate-PanxβG' ATGGTAGCAGTAGCCACG
'Hvu-PanxβE' ATGAGTATTATTACAGGC
'Ccr-PanxγA' ATG---ATTGTAGCCACG
'Che-PanxβD' ATG------GCACCCCCG
'Nbi-PanxβG' ATGGCCGGTGTGACGGGA
;
end;

Usage example 1

$: alb Ctenophores.nex -pfm

Output

### Alignment 1 ###
A       1.000   0.000   0.000   0.200   0.000   0.200   0.400   0.000   0.200   0.200   0.000   0.600   0.400   0.000   0.200   0.400   0.000   0.200
C       0.000   0.000   0.000   0.000   0.200   0.200   0.000   0.200   0.000   0.000   0.200   0.000   0.200   1.000   0.600   0.200   0.600   0.200
G       0.000   0.000   1.000   0.400   0.200   0.000   0.400   0.200   0.000   0.800   0.000   0.200   0.400   0.000   0.200   0.400   0.400   0.600
T       0.000   1.000   0.000   0.000   0.200   0.200   0.000   0.400   0.600   0.000   0.800   0.200   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
-       0.000   0.000   0.000   0.400   0.400   0.400   0.200   0.200   0.200   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000